《水污染防治行动计划》中强调了要强化城镇生活污染治理、整治城市黑臭水体等工作内容，随着要求的完成时间不断临近，各地正在积极开展水环境综合治理工作，在“大干快上”的同时，也暴露出一些存在的问题。

1. 规划控制问题

“沿河而居”“水岸庄园”，这在城市房地产开发项目中是耳熟能详的引人招牌。沿河开发的项目屡见不鲜，河岸与建筑几乎是“无缝对接”，其中包括尚未施工的规划开发项目，造成水系治理过程中截污、溢流污染控制等工程措施“无处下脚”，最终只能沿河挂管、河中砌沟、水面绿化、水中曝气，治理后成为“怪河”，赋予河道太多的负担。

2.水质标准问题

一些明显缺乏天然补水的，以再生水为补水水源的水环境综合治理项目，在招标文件或合同协议中规定了治理后河水应该达到严格的水质标准，其中总氮指标要求不大于2 mg/L，造成再生水厂加药量过大，运行成本过高，即便如此，使用常规工艺组合也不易稳定达标。

3.溢流污染控制问题

在《城市黑臭水体治理攻坚战实施方案》中强调了削减合流制溢流污染。在实施过程中存在溢流污染控制标准不清，调蓄池存留的“溢流污水”处理方式不明的问题。所谓标准不清，一是行业规范缺乏溢流频次或降雨毫米数这类设计参数的指导性意见，二是由于现状管线资料缺失，沿河排口的水量水质没有长期监测资料，在工期要求紧张的情况下难以开展模型分析和研究工作，使设计参数的选取不够严谨；所谓处理方式不明，就是对调蓄池收集存留的这部分“溢流污水”采取何种程度的处理方法各地掌握的尺度不同，虽然《城市黑臭水体治理攻坚战实施方案》中说明可以“……采取快速净化措施对合流制溢流污染进行处理后排放……”，但有的地方不允许这部分“溢流污水”有其他的排放口，只要求全部送往污水处理厂进行全流程处理，达到污水处理厂的出水标准后排放，这将造成新建更多的污水处理厂或现有污水厂规模成倍扩建。

4.考核体系问题

水环境综合治理是复杂的系统工程，考核体系的制定离不开工程项目的边界条件。有些地方寄希望于一次解决几十年遗留下来的问题，依靠一些强硬的“霸王条款”当做保障措施。如某项目的考核体系规定工程进入运维期间，由第三方进行河道水质检测，在“无论任何时间，任何取样点”检测合格后方能支付运维管理费用。事实上河道周边大面积的鱼塘或畜牧养殖厂的排水无法控制，解决起来涉及到复杂的社会问题，超过设计标准的溢流也会发生，这些客观存在的情况均会对河道水质产生影响，也是设计方与合同执行方无法解决的，因而造成了PPP模式或EPC+O模式的水环境治理项目合同难以执行。